이 기사는 2019년 08월 07일 14:05 thebell 에 표출된 기사입니다.

유수홀딩스의 자회사 싸이버로지텍이 국세청 추징금을 두고 조세불복 절차에 돌입했다가 최근 '기각' 결정을 받은 것으로 확인됐다. 과거 싸이버로지텍이 모회사 한진해운의 주식과 관련하여 맺은 옵션 계약으로 인한 손실은 법인세 경감 사유가 되지 않는다는 판단이다. 싸이버로지텍 측은 향후 행정소송 등으로 대응할 전망이다.

7일 세무당국 및 업계에 따르면 조세심판원은 유수홀딩스(옛 한진해운홀딩스) 자회사 싸이버로지텍이 제기한 조세불복 심판청구 절차를 두고 최근 기각 결정을 내렸다. 이번 사안은 유수홀딩스 측이 2017년과 지난해 초 잇따라 제기한 조세불복 절차로, 조세심판원은 1년 넘는 기간 동안 논의를 이어온 끝에 결국 국세청 손을 들어줬다.

이번 조세불복의 단초가 된 일은 지난 2009년 발생했다. 그 해 11월 한진해운은 자사주 320만주(당시 지분율 3.6%)를 프라임밸류펀드에 매각했다. 매각가는 600억원으로, 이 과정에 한진해운의 IT 자회사였던 싸이버로지텍이 해당 주식에 대한 풋옵션과 콜옵션 계약을 맺었다. 제3자에게 매각해 의결권이 살아난 자사주의 실질적 소유권을 싸이버로지텍이 갖게 된 셈이다.

한진해운은 해당 거래 직후인 2009년 12월 1일 지주회사 체제 전환을 선언하고 해운 사업부문 인적분할을 단행했다. 지주사는 한진해운홀딩스, 분할된 사업회사는 2017년 청산된 한진해운이 됐다. 2014년 4월 고 조양호 회장이 한진해운홀딩스 등기임원(기타비상무이사) 자리에서도 내려오면서 최 회장의 경영권은 확고해졌다. 최 회장 측은 이후 프라임밸류펀드와 합의를 거쳐 2015년 3월~4월 사이 풋·콜옵션이 걸려있던 주식을 시간외대량매매(블록딜) 방식으로 모두 처분했다.


국세청이 문제를 삼은 부분은 싸이버로지텍이 이 거래 과정에서 풋·콜옵션 계약을 맺으면서 과도한 이자를 떠안게 됐다는 점이었다. 싸이버로지텍은 계약 관계에 따라 콜옵션 대가로 2009년 11월~2013년 11월까지 4년 동안 매 분기마다 약 9%대 이율을 지급하는 계약을 프라임밸류와 맺었다. 당시 매도한 총 주식 가치가 600억원이었다는 점을 감안하면 옵션 행사 가격과 이자비용을 합산 시 200억원 가량의 손실을 기록한 셈이다

싸이버로지텍은 이후 2015년 해당 금액을 '손금산입'해 법인세를 신고했다. '손금'은 쉽게 말해 세법상 법인세 계산에서 제외해주는 항목이다. 관련 비용이 많을 수록 세금도 그만큼 줄어들 수 있게 된다. 국세청은 경영 과정에서 정상적으로 발생한 비용인지 여부를 따져 손금산입 가능 유무를 결정한다.

국세청은 싸이버로지텍이 지출한 이자는 경영상 정상적으로 발생한 비용으로 볼 수 없다는 결론을 내렸다. 프라임밸류와의 계약 과정에서 과도한 프리미엄을 지불한 것이라고 봤기 때문이다. 특히 싸이버로지텍이 2009년 말 당시 순자산이 420억원대에 그쳐 한진해운의 자사주 매각 옵션 이자를 감당할 수 있을 만한 회사가 아니었다는 점을 눈 여겨 봤다.


국세청은 그 결과 해당 거래는 '출연금을 대신 부담하거나 금전을 무상으로 제공한 경우'로 간주하고 싸이버로지텍이 손금산입해 미납한 법인세에 대한 추징금을 2017년 부과했다. 유수홀딩스 측은 이에 대한 조세불복 절차를 곧바로 신청했다.


조세심판원이 1년 넘게 이어온 조세불복 심판청구에서 국세청 손을 들어주면서 유수홀딩스 측은 향후 행정소송으로 대응할 전망이다. 심판청구 절차를 거친 납세자는 결정 90일 이내에 행정소송을 제기할 수 있다. 행정소송을 제기하게 되면 관련 사안을 법정에서 다시 따지게 된다.

한편 싸이버로지텍은 한진 측이 2000년 설립한 해운 IT솔루션 전문 업체다. 컨테이너 및 터미널 운영시스템 제작·판매·유지보수가 주력 사업이다. 유수홀딩스(40.17%)와 최은영 회장 일가(10%)가 50% 이상 지분을 들고 있다. 올해 들어 기업공개(IPO) 절차를 추진 중인 것으로 알려졌다.