이 기사는 2025년 11월 06일 08:19 thebell 에 표출된 기사입니다.

삼성그룹의 신약 개발 구심점 역할을 맡게 된 삼성바이오에피스가 오픈이노베이션 전략을 본격화하는 분위기다. 인투셀과 협업이 거의 유일했는데 최근 중국 프론트라인 바이오파마에 이어 프로티나까지 전략적 파트너로 선택했다.

앞선 인투셀과 프론트라인이 항체약물접합체(ADC)를 겨냥한 협업이었다면 프로티나와는 항체까지 분야를 넓혀 협업을 도모한다. 프로티나 플랫폼 기술을 활용해 신약개발 속도를 높일 수 있을 것으로 예상되면서 양사의 협력은 더욱 강화될 전망이다.

◇AI 활용해 항체 발굴 가속, 이례적 협력 방식에 '눈길'

삼성바이오에피스와 프로티나는 보건복지부 주관 국책과제를 공동 연구하며 항체 신약 후보물질을 개발한다. 프로티나가 주관기관을 맡고 삼성바이오에피스가 공동연구개발기관으로 참여한다. 총사업비는 약 469억원으로 정부출연금은 303억원이다. 나머지 136억원은 프로티나가 부담한다.

2025년 10월부터 2027년 말까지 27개월간 AI 기술을 활용해 총 10개의 항체 신약 후보물질을 발굴하는 게 이번 국책과제의 목표다. 이 중 3개는 비임상 단계 진입, 1개는 임상 1상 시험계획(IND) 신청 완료를 목표로 한다.


이번 공동연구에는 프로티나의 'PPI 랜드스케이프' 플랫폼이 활용된다. 프로티나의 원천 기술인 단백질 상호작용(PPI) 분석 기술에 AI를 더해 더 빠른 속도로 신규 항체를 설계하는 기술이다. 이를 통해 항체 신약 후보물질 발굴 기간을 단축할 수 있다.

삼성바이오에피스는 최근 활발한 협업 움직임을 보이고 있다. 국내 ADC 개발 기업인 인투셀과의 제휴에 이어 최근 중국의 프론트라인 바이오파마와 파트너십 계약을 체결했다. 인투셀의 '넥사테칸' 페이로드 특허 이슈를 해결함과 동시에 이중항체 ADC 후보물질을 추가로 얻었다.

프로티나와의 협력 방식도 독특하다는 점이 주목된다. 연구 및 운영 자금이 필요한 바이오벤처와 달리 자금 조달이 시급하지 않은 삼성바이오에피스가 국책과제에 참여하는 건 이례적이다. 국책과제는 제안서 작성부터 정기 보고, 비용 청구 등 수행 절차가 번거롭다.

때문에 업계에서는 이번 국책과제 공동 참여를 삼성바이오에피스 내부 설득과 협력 정당성 확보 차원으로 보고 있다. 비교적 신생 기업인 프로티나와의 공동 개발을 추진하려면 내부 의사결정 과정에서 명분이 필요하고 정부 지원 과제라는 점이 내부 설득에 유리했을 것이란 분석이다.

프로티나가 이번 과제를 통해 신규 항체를 발굴하면 삼성바이오에피스는 국책 과제 내 역할인 공정 개발 외에도 임상 개발 등 상업화 전반을 담당한다. 이번 협력이 실질적으로는 양사 기술이전으로 이어지는 발판이라는 평가가 나오는 것도 이 때문이다.

◇후보물질 기술이전 가능성 제기, 양사 윈윈 전략

삼성바이오에피스는 이달 삼성바이오로직스 인적분할로 그룹 내 신약 개발 구심점 역할을 맡게 됐다. 모회사 삼성에피스홀딩스의 기업 가치를 뒷받침할 신약 파이프라인 확보가 절실한 상황이다. 빠른 신약 후보물질 확보가 필요한 삼성바이오에피스에게 항체 발굴 속도를 높여주는 프로티나의 기술은 안성맞춤이다.

양사는 킥오프 미팅을 진행했으며 일차적으로 신약 후보물질 범위를 좁힌 상태다. 글로벌 신약을 통해 검증이 된 단백질을 표적으로 삼는다는 전략도 수립했다. 27개월이라는 과제 기간과 별개로 결과물이 나오는 대로 기술이전 계약을 추진할 가능성도 존재한다.

프로티나에게도 삼성바이오에피스와의 협력은 새로운 사업 기회를 열어 줄 기회로 여겨진다. 프로티나에게 이번 협력의 핵심은 단기 실적 개선이 아닌 레퍼런스 확보다. 국책과제 계약금은 매출로 잡히지 않고 영업외수익에 해당한다. 실질적인 매출은 이후 체결될 기술이전 계약에서 발생한다.

프로티나는 기존 주력 서비스인 약물 반응 분석 플랫폼 'PPI 파스파인더'로 글로벌 제약사와 임상시험 검체 검사 계약을 체결했지만 PPI 랜드스케이프로는 아직 대형 파트너사와의 협력 사례를 만들지 못한 상태다. 이번 협력이 글로벌 제약사들을 공략할 수 있는 트랙레코드가 되는 셈이다.

삼성바이오에피스 관계자는 "프로티나가 항체를 설계하면 자사가 이후 공정 개발과 임상을 맡아 상업화를 주도하며 기술이전 등 향후 계획은 아직 도출되지 않았다"며 "향후 가능성은 모두 열어놓고 있다"고 말했다.